Baseado na Wikipédia, Matroska é o nome de uma iniciativa ousada para a criação de formatos universais de containers de audio e video digitais. O nome é derivado da grafia romana matrioska – bonecas típicas russas, no qual uma boneca grande contém outra menor, que contém outra, e assim sucessivamente.
Sendo assim, os formatos ligados ao Matroska permitem conter dados resultantes de diferentes tipos de codificações (ou codecs) de vídeo (DivX, Xvid, RV9, etc.) e som (MP3, MP2, AC3, Ogg, AAC, DTS, PCM). Para criar arquivos de vídeo MKV (Matroska) a partir de vídeos de diversos codecs junto ao arquivo de legenda (SRT, ÁS, SEU, USF, etc.), sugiro ler este artigo no Viva O Linux.
Resumidamente, Matroska é um container que trabalha em cruz, sem patente, com um formato de código aberto (CLARO). Matroska não é um codec (como MPEG-1, XviD, DivX, ou VP3), e sim um container onde podemos pode colocar video(s) + audio(s) + legenda(s). Para os usuários Windows (CREDO), sugiro este link para download.