A seguir, uma receita de bolo para para separar vídeos com o mencoder.

Separação baseada no  tempo:

mencoder arquivo-origem.mp4 -o arquivo-destino.mp4 -ovc copy -oac copy -endpos hh:mm:ss
mencoder
arquivo-origem.mp4 -o arquivo-destino.mp4-ovc copy -oac copy -ss hh:mm:ss

Separação baseada no tamanho:

mencoder arquivo-origem.mp4 -o arquivo-destino.mp4-ovc copy -oac copy -endpos xxx[b/kb/mb]
mencoder
arquivo-origem.mp4 -o arquivo-destino.mp4 -ovc copy -oac copy -sb xxx[b/kb/mb]

Autor desconhecido.